Счета-фактуры полученные в книге покупок

Здравствуйте! В нашей организации учет ведется в 1 с 8.3, "Бухгалтерия" синхронизируется с "Управлением небольшой фирмой". Приход товара от поставщиков вводится на основании заказов поставщикам, зачастую одна приходная накладная разбивается по нескольким заказам, соответственно, и счет-фактура тоже. В таком же виде документы попадают в "Бухгалтерию". Возник вопрос: правомерно ли отражать в книге покупок один и тот же счет-фактуру несколько раз. Учитывая новую декларацию по НДС, включающую в себя книги покупок и продаж, не возникнет ли у ИФНС при сверке данных с нашими контрагентами вопросов? Неужели придется вручную перенабивать сведения по полученным счетам-фактурам, объединяя "кусочки" в одно целое?